Добрый день!
Для начала читаем первоисточник:
Цитата: 5. Организации и индивидуальные предприниматели, ранее применявшие общий режим налогообложения, при переходе на упрощенную систему налогообложения выполняют следующее правило: суммы налога на добавленную стоимость, исчисленные и уплаченные налогоплательщиком налога на добавленную стоимость с сумм оплаты, частичной оплаты, полученной до перехода на упрощенную систему налогообложения в счет предстоящих поставок товаров, выполнения работ, оказания услуг или передачи имущественных прав, осуществляемых в период после перехода на упрощенную систему налогообложения,подлежат вычету в последнем налоговом периоде, предшествующем месяцу перехода налогоплательщика налога на добавленную стоимость на упрощенную систему налогообложения,при наличии документов, свидетельствующих о возврате сумм налога покупателямв связи с переходом налогоплательщика на упрощенную систему налогообложения.
Таким образом, получив сумму аванса (предоплаты), Вы составляете и представляете покупателю счет-фактуру и регистрируете ее в книге продаж.
Если Вы вернете суммы начисленного НДС с аванса покупателям (или составите с ним допсоглашение, что суммы НДС, подлежащие возврату, засчитываются в счет оплаты...), то включаете в вычеты в 4 квартале.
Если нет, то начисленный НДС с аванса так и останется в бюджете. Навсегда.
А документы по реализации уже на УСН составляете без НДС. И без счета-фактуры.
Успехов!